Минфину РФ предоставлено право вносить по представлению федеральных органов исполнительной власти и других получателей средств федерального бюджета изменения в:
1) ведомственную структуру расходов федерального бюджета — в связи с передачей полномочий по финансированию отдельных учреждений, мероприятий или видов расходов;
2) распределение расходов по классификациям целевых статей, видов расходов федерального бюджета и экономической классификации расходов бюджетов РФ, в том числе в связи с возмещением в счет текущего финансирования по предписаниям Минфина РФ и Счетной палаты РФ бюджетных средств, израсходованных получателями незаконно или не по целевому назначению, а также необходимостью уплаты таможенных платежей при осуществлении получателями средств федерального бюджета внешнеэкономических операций;

3) роспись в связи с определением источников финансирования кредиторской задолженности, в том числе по согласованию с Минэкономики РФ в части государственного оборонного заказа и Федеральной адресной инвестиционной программы.
Для обеспечения исполнения федерального бюджета и полноты мобилизации в нем финансовых ресурсов при нарушении отдельными субъектами РФ и закрытыми административно-территориальными образованиями установленных законодательством порядка зачисления налогов и других доходов в федеральный бюджет, порядка осуществления закупки товаров, оплаты работ и услуг для государственных нужд:
1) приостанавливается финансирование из средств федерального бюджета федеральных программ и мероприятий, осуществляемых на территориях соответствующих субъектов РФ, а также передача средств по взаимным расчетам, трансфертам, субвенциям и дотациям, бюджетным ссудам и кредитам;
2) прекращается выдача лицензий на экспорт;
3) приостанавливается поставка продукции, поступающей централизованно из государственных ресурсов.