В ходе исполнения федерального бюджета Правительство РФ имеет право вносить изменения в ведомственную структуру расходов федерального бюджета в связи с передачей полномочий по финансированию отдельных учреждений, мероприятий или видов расходов.
Федеральный фонд финансовой поддержки субъектов РФ в 1998 г. формировался за счет 14% общего размера налоговых доходов, поступающих в федеральный бюджет, кроме доходов от таможенных пошлин, таможенных сборов и других таможенных платежей, а также доходов целевых бюджетных фондов.

В 1998 г. в пределах ассигнований, утвержденных по соответствующим разделам и подразделам функциональной классификации расходов федерального бюджета, производилось финансирование на условиях возвратности и платности следующих мероприятий:
• расходов на обеспечение агропромышленного комплекса машиностроительной продукцией и приобретение племенного скота на основе договоров финансовой аренды — лизинга;
• расходов на сезонное кредитование предприятий и организаций агропромышленного комплекса;
• закупок сельскохозяйственной продукции в Федеральный продовольственный фонд на конкурсной основе в объеме потребностей, которые не могут быть обеспечены рыночными механизмами;
• расходов на сезонную закупку сырья и материалов для производства товаров народного потребления и товаров производственно-технического назначения текстильной и легкой промышленности;
• расходов на создание межсезонных запасов древесины, сырья и топлива для предприятий лесной промышленности;
• расходов на развитие межфермерской кооперации;
• расходов на осуществление высокоэффективных инвестиционных проектов, размещаемых на конкурсной основе;
• расходов на инвестиционные программы конверсии оборонной промышленности, инвестиционные проекты создания рабочих мест для высвобождаемых работников угольной отрасли, а также финансирование Федеральной целевой программы «Свой дом»;
• расходов на выполнение высокоэффективных прикладных научно-технических разработок.