В общей сумме расходов на оплату труда работников бюджетных организаций, находящихся в ведении федеральных органов государственной власти, средства, привлеченные из других источников сверх средств федерального бюджета, составляют в среднем 19%. В настоящее время применяется около 30 видов доплат, надбавок, других выплат, носящих обязательный характер, и более 25 видов доплат и надбавок стимулирующего характера. В учреждениях образования доля привлеченных средств составила 50% и более.

Проведенная инвентаризация условий оплаты труда и выплат стимулирующего характера требует их упорядочения и совершенствования системы оплаты труда на основе ETC по следующим направлениям:
• закрепление за вышестоящими организациями права определять лимит численности и размер фонда оплаты труда бюджетных организаций, находящихся в их ведении;
• унификация применения многочисленных отраслевых норм оплаты труда, установленных как законодательным путем, так и на основе отдельных решений Правительства РФ и Минтруда России, с последующим переходом от тарифной сетки к ETC;
• применение принципов формирования фондов оплаты труда, предусмотренных для государственных служащих, к оплате труда работников бюджетных организаций;
• определение критерия, по которому в зависимости от доли использованных внебюджетных средств можно переводить организации из разряда бюджетных в разряд дотируемых с использованием средств федерального бюджета по другим направлениям.
В настоящее время в ведении получателей средств федерального бюджета находятся отраслевые и межотраслевые внебюджетные фонды. Учитывая, что средства внебюджетных фондов в дополнение к ассигнованиям, предусматриваемым в составе расходов федерального бюджета на фундаментальные исследования и содействие научно-техническому прогрессу, направляются на финансирование научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ по созданию новых видов наукоемкой продукции, сырья и материалов, разработке новых и совершенствованию применяемых технологий, а также мероприятий по повышению технического уровня продукции, консолидация средств этих фондов в федеральном бюджете не предусматривается.